برای تغییر مسیر documnet root دامنه اصلی (main domain) در cPanel باید دسترسی به ssh سرور داشته باشید.
برای تغییر مسیر documnet root فایل زیر را ویرایش کنید.

/var/cpanel/userdata/username/mysite.com

بجای username نام کاربری اکانت و بجای mysite.com نام دامنه را وارد کنید.

در این فایل خط documentroot: را به مسیر مورد نظر تغییر دهید

اگر سایت شما دارای SSL است باید فایل زیر را ویرایش کنید.

/var/cpanel/userdata/username/domain_SSL

در پایان دستورات زیر را اجرا کنید.

/scripts/rebuildhttpdconf
systemctl restart httpd